電子商務的發展促進了消費，擴大了出口，增加了就業，鼓勵了創業和中小企業的發展，降低了流通成本，提高了勞動生產率，是促進中國經濟轉型升級的戰略性產業。因此，應從戰略高度充分認識到促進電子商務發展的意義，并客觀看待圍繞電商征稅的爭論，盡快建立和完善促進電子商務發展的稅收政策體系。
目前，社會各界對電商征稅的討論存在三個誤區，厘清這些誤區是制定科學合理的電子商務稅收政策的前提。首先，電子商務交易并非免稅。中國現行稅法沒有針對電子商務交易的特殊規定，電子商務交易只是交易方式的改變，無論在網上銷售貨物還是提供勞務，均與線下傳統交易適用相同的稅法規定。
其次，認為電子商務領域存在巨額漏稅的觀點并不準確。雖然中國目前不存在對電商免稅的規定，但由于征管缺失，電子商務領域確實存在漏稅現象，但這主要是B2C模式下年交易額低于起征點的網商。根據阿里巴巴的數據，有94%的網商交易額達不到起征點，而年交易額超過24萬元的網店的銷售總額約為1600億，按增值稅小規模納稅人3%計算的應納稅額約為50億，加上城建稅、教育費附加、地方教育費附加共計56億元。
第三，認為電子商務領域的征管缺失導致線上線下交易的不公平競爭的觀點值得商榷。雖然電子商務領域的稅收問題主要集中于C2C平臺交易，但即使將700萬戶全部納入征管范圍，流轉稅及其附加的應納稅額也僅有50多億元，不會導致市場失衡。因此，線上線下的小微企業和個體經營者之間的競爭實際上是公平的。
解決電商征稅問題的三種思路包括：加強對C2C平臺的稅收征管，努力做到應征盡征；根據中國征管現狀，按照實際公平的要求，盡可能保持稅收的中性；將電子商務作為戰略性新興產業給予稅收優惠。其中，第二種思路比較穩妥可行，如果條件具備，應積極研究實施第三種思路。
此外，在電子商務領域，還應重視跨境直接電子商務和間接電子商務的稅收問題。對于跨境直接電子商務，中國作為服務業相對落后的發展中國家，不應輕易放棄對直接電子商務征收關稅的權力。而對于跨境間接電子商務，尤其是外貿B2C的發展，應積極研究零星小額交易的出口退稅政策，而海外代購則應積極探索完善海關通關環節的進口稅收征管措施。
對于國內電子商務稅源劃分問題，隨著電子商務交易額的不斷擴大，電子商務企業和消費者的區域分離趨勢日益明顯。在現行分稅制財政體制下，增值稅屬于中央與地方共享稅，隨著與消費者數量和消費能力匹配的區域性傳統批發和零售企業逐步被遠程電子商務企業替代，按照屬地管理方式征收的稅收更多地向電子商務企業聚集的區域集中，這會加劇區域間稅源分布的不均衡。未來，應充分考慮電子商務發展對稅源分布的影響，在完善地方稅體系和轉移支付制度的前提下，在條件成熟時逐步將流轉稅改為中央稅。

電子商務稅收管理措施著重于法規完善和合作機制的建立，以適應新興網絡貿易的挑戰。首先，稅務機關需與相關部門合作，修訂稅法，明確征稅對象、范圍、稅種和稅目，實現對電子商務稅收問題的針對性處理。通過信息共享網絡，構建適應電子商務的稅收征管體系，確保數據信息的可控性。
其次，強化網上交易主體的管理，要求電子商務經營者在申請網上交易時進行工商注冊和稅務登記，確保稅務監管。電子商務運營商需核實申請人的工商執照和稅務登記，提高交易透明度和信用度。
再者，建立代扣代繳制度，通過電子商務運營商的支付系統監控交易，自動計算并代繳稅款。對于自建平臺的個人或單位，金融機構也需參與代扣代繳。這有助于解決稅收征管中的流動性問題和隱匿性問題。
最后，加大稅收征管投入，培養適應“網絡稅收時代”的專業人才。稅務機關需利用高科技手段，如數據共享機制和稅控器，加強對電子商務交易的審計追蹤，確保稅收的有效征管。