第一是性質不同。
撤職是一種紀律處分，是一種典型的懲罰性行為，表明被撤職人員有重大過錯，如違紀、工作嚴重失誤，甚至有違法行為等。免職是一種組織處理，是對領導干部職務進行調整的一種組織措施，正常免職另有任用不具有懲罰性，因過錯免職暫不任用就具有懲罰性。本次事件中大理市委書記被免職就具有懲罰性。
第二是原因不同。
撤職是因為黨員領導干部和國家公職人員犯有嚴重錯誤，不適合繼續擔任現任職務而作出的紀律處分。免職是根據黨員領導干部和國家公職人員的身體、年齡、能力、實績、一般錯誤等情況，對其職務進行調整的組織措施。
第三是后果不同。
撤職不僅撤去原有的職務，對應的行政級別也會一同撤銷，只能享受比原來職務低半級的待遇，嚴重的還要承擔法律責任。如這次事件中大理市長（正處級）被撤職后，只能享受副處級待遇。一般情況下，免職是正常的人事調動，它的適用范圍包括因調任其他工作、輪崗交流、任職期滿、退休等原因而引起的免除現任職務。
拓展資料：在某些特殊情況下，免職也適用于有過錯行為的黨員領導干部和國家公職人員，但相對于撤職而言，其過錯程度要輕一些，或者其行為的性質還有待進一步查清核實，只是現在已不適于繼續任職而先行免職。
法律依據：《公務員法》第四十條，委任制公務員遇有試用期滿考核合格、職務發生變化、不再擔任公務員職務以及其他情形需要任免職務的，應當按照管理權限和規定的程序任免其職務。