1、本罪與非罪的界限對包庇毒品犯罪分子的犯罪應綜合全案各種情況，如果被包庇的毒品犯罪分子所進行的毒品犯罪情節輕微，毒品數量很小，受刑罰處罰較輕，或不需要追究刑事責任，而且包庇毒品犯罪分子的主觀惡性也比較小，那么包庇行為本身社會危害性就小，一般不作為犯罪處罰。在實踐中要注意正確區分本罪與知情不舉行為的界限。“知情不舉”是指明知是毒品犯罪分子，而不向司法機關檢舉揭發，也沒有向司法機關作虛假證明，對犯罪分子也不提供積極幫助，表現為消極不作為，這種消極不作為，由于我國法律沒有規定知情不舉罪，因此不構成包庇毒品犯罪分子罪。2、本罪與包庇罪的界限二者的主要區別在于包庇的對象不同，前者包庇的對象，必須是走私、販賣、運輸、制造毒品的犯罪分子，而后者所包庇的對象，則是除上述犯罪以外的刑事犯罪分子。3、本罪與非法持有毒品罪（1）非法持有毒品罪，《刑法》第348條規定，是指明知是鴉片、海洛因、甲基苯丙胺或者其他毒品，非法持有并且數量較大，根據證據尚不能認定為其他毒品犯罪的行為。（2）包庇毒品犯罪分子罪，《刑法》第349條第1、2款規定，是指明知是走私、販賣、運輸、制造的毒品犯罪分子，而向司法機關作虛假證明，掩蓋其罪行，或幫助其毀滅罪證，幫助其逃跑等，使其逃避法律制裁的行為。

1、本罪與非罪的界限對包庇毒品犯罪分子的犯罪應綜合全案各種情況，如果被包庇的毒品犯罪分子所進行的毒品犯罪情節輕微，毒品數量很小，受刑罰處罰較輕，或不需要追究刑事責任，而且包庇毒品犯罪分子的主觀惡性也比較小，那么包庇行為本身社會危害性就小，一般不作為犯罪處罰。在實踐中要注意正確區分本罪與知情不舉行為的界限。“知情不舉”是指明知是毒品犯罪分子，而不向司法機關檢舉揭發，也沒有向司法機關作虛假證明，對犯罪分子也不提供積極幫助，表現為消極不作為，這種消極不作為，由于我國法律沒有規定知情不舉罪，因此不構成包庇毒品犯罪分子罪。2、本罪與包庇罪的界限二者的主要區別在于包庇的對象不同，前者包庇的對象，必須是走私、販賣、運輸、制造毒品的犯罪分子，而后者所包庇的對象，則是除上述犯罪以外的刑事犯罪分子。3、本罪與非法持有毒品罪（1）非法持有毒品罪，《刑法》第348條規定，是指明知是鴉片、海洛因、甲基苯丙胺或者其他毒品，非法持有并且數量較大，根據證據尚不能認定為其他毒品犯罪的行為。（2）包庇毒品犯罪分子罪，《刑法》第349條第1、2款規定，是指明知是走私、販賣、運輸、制造的毒品犯罪分子，而向司法機關作虛假證明，掩蓋其罪行，或幫助其毀滅罪證，幫助其逃跑等，使其逃避法律制裁的行為。