檢查院批捕后被告方有證據，證明自己的罪是輕微的，按以下方式處理：
1、當事人可以上報檢察院的，公安機關會視情況對其進行刑事拘留，三日提請檢察院批捕，可以延長一至四日，檢察院一般會在七天內作出決定；
2、批捕后，人民檢察院會對羈押進行必要性審查。檢察院下了批捕令，對犯罪嫌疑人予以逮捕，人可以關押在看守所，公安機關都必須在逮捕后的二十四小時以內進行訊問，在發現不應當逮捕的時候，必須立即釋放，發給釋放證明，公安機關應對案件進行偵查。
人民法院、人民檢察院和公安機關如果發現對犯罪嫌疑人、被告人采取強制措施不當的，應當及時撤銷或者變更。公安機關釋放被逮捕的人或者變更逮捕措施的，應當通知原批準的人民檢察院。
【法律依據】：
《中華人民共和國刑事訴訟法》第九十五條
犯罪嫌疑人、被告人被逮捕后，人民檢察院仍應當對羈押的必要性進行審查。對不需要繼續羈押的，應當建議予以釋放或者變更強制措施。有關機關應當在十日以內將處理情況通知人民檢察院。

檢察院批準逮捕后的程序是：
1.檢察院批捕后；
2.公安機關繼續刑事偵查；
3.公安機關偵查終結；
4.人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查；
5.人民檢察院作出起訴決定，向人民法院提起公訴；
5.人民法院審理公訴案件。
一、按照《刑事訴訟法》的規定，一般刑事案件大致要經過3個階段，即偵查階段也就是公安機關來負責、審查起訴階段案件是在人民檢察院和最后的審判階段即在人民法院。
二、公安機關報請檢察院批捕之后，公安機關繼續刑事偵查。對犯罪嫌疑人逮捕后的偵查羈押期不得超過兩個月。案件復雜、期限屆滿不能終結的案件，可以經上一級人民檢察院批準后延長一個月。
三、公安機關偵查終結的案件，應當將起訴意見書，連同案卷資料、證據一并移送同級人民檢察院審查起訴，也就是案件進入審查起訴階段。
法律依據
《中華人民共和國刑事訴訟法》第八十五條　公安機關拘留人的時候，必須出示拘留證。
拘留后，應當立即將被拘留人送看守所羈押，至遲不得超過二十四小時。除無法通知或者涉嫌危害國家安全犯罪、恐怖活動犯罪通知可能有礙偵查的情形以外，應當在拘留后二十四小時以內，通知被拘留人的家屬。有礙偵查的情形消失以后，應當立即通知被拘留人的家屬。
第八十六條　公安機關對被拘留的人，應當在拘留后的二十四小時以內進行訊問。在發現不應當拘留的時候，必須立即釋放，發給釋放證明。
第八十七條　公安機關要求逮捕犯罪嫌疑人的時候，應當寫出提請批準逮捕書，連同案卷材料、證據，一并移送同級人民檢察院審查批準。必要的時候，人民檢察院可以派人參加公安機關對于重大案件的討論。