那是因為你申請了個稅專項附加扣除，所以你工資超過了5000元才沒扣個稅，個稅專項附加扣除包括子女教育、繼續教育、住房貸款利息和大病醫療等等，這些申請成功后都可以抵扣個稅的。我建議你可以向公司的財務部門進行咨詢，實在不行可以撥打當地的人力資源和社會保障局的電話進行咨詢。
【拓展資料】
個人所得稅（personal income tax）是調整征稅機關與自然人（居民、非居民人）之間在個人所得稅的征納與管理過程中所發生的社會關系的法律規范的總稱。
英國是開征個人所得稅最早的國家，1799年英國開始試行差別稅率征收個人所得稅，到了1874年才成為英國一個固定的稅種。
個人所得稅的納稅義務人，既包括居民納稅義務人，也包括非居民納稅義務人。居民納稅義務人負有完全納稅的義務，必須就其來源于中國境內、境外的全部所得繳納個人所得稅；而非居民納稅義務人僅就其來源于中國境內的所得，繳納個人所得稅。
個人所得稅是國家對本國公民、居住在本國境內的個人的所得和境外個人來源于本國的所得征收的一種所得稅。在有些國家，個人所得稅是主體稅種，在財政收入中占較大比重，對經濟亦有較大影響。
2018年6月19日，個人所得稅法修正案草案提請十三屆全國人大常委會第三次會議審議，這是個稅法自1980年出臺以來第七次大修。

全國人大常委會關于修改個人所得稅法的決定草案2018年8月27日提請十三屆全國人大常委會第五次會議審議。依據決定草案，基本減除費用標準擬確定為每年6萬元，即每月5000元，3%到45%的新稅率級距不變。
繳個稅不是說過了5千都要繳納，而是5000元相當于免稅額度，除了這5000以外，還有專項扣除（自己繳納的社保公積金）、專項附加扣除（住房租金等六項），其他扣除（年金、稅優健康險、捐贈等）這三種情況一并扣完，才是應納稅所得額。51個稅問答小程序提醒您，假如您沒有繳稅，是可以不用匯算清繳的。除此之外，年收入不超過12萬，不需要退稅的或補稅款不超過400元的，都不用進行匯算清繳。

工資超過5000元個人所得稅按百分之幾繳納，還需要根據個人實際取得工資薪金的金額和各項扣除后的余額來確定。那么，也就是說，個人取得工資超過5000元，是無法直接回答具體需要繳納多少個人所得稅，畢竟超過5000元是一個寬泛的數據，很難準確計算并得出具體應扣繳的個稅。
工資薪金屬于個人綜合所得個人所得稅，執行的是七級超額累進稅率，稅率由3%至45%。其應納稅所得額為年度收入總額減除費用6萬元，以及專項扣除、專項附加扣除和其他扣除后的余額。不同的應納稅所得額適用不同的個人所得稅稅率。
綜合所得稅個人所得稅稅率表（含速算扣除數）
我們用一組數據來說明一下，取得的工資薪金超過5000元應繳納的個人所得稅。假如，甲員工2019年全年取得工資薪金66000元（月5500元），社會保險、住房公積金等三險一金年7200元（月600元）。計算甲員工應繳納的個人所得稅。
甲員工應繳納的個人所得稅為，個人所得稅應納稅所得額=66000元-60000元-7200元=-1200元。則甲員工不需要繳納個人所得稅。
而如果甲員工2019年全年取得工資薪金72000元（月6000元），社保和住房公積金仍然是7200元，則甲員工應繳納的個人所得稅為：
甲員工2019年應納稅所得額=72000元-60000元-7200元=4800元。
應繳納個人所得稅=4800元*3%=144元。
個人取得工資超過5000元是否需要繳納個人所得稅，或者需要繳納多大比例的個人所得稅，主要取決于個人實際取得的工資薪金，減除專項扣除、專項附加扣除和其他扣除等各項扣除的余額，以及對應的稅率和速算扣除數。
上面的一組數據也可以看出，如果個人綜合所得應納稅所得額為負數時，是不需要繳納個人所得稅的；而如果個人綜合所得應納稅所得額為正數，則不同的級數對應不同的應納稅所得額、稅率和速算扣除數，則計算的個人所得稅稅額也是不同的。
總之，工資超過5000元個人所得稅按哪檔稅率繳納，或不需要繳納個人所得稅，即取決于個人取得工資薪金的金額，還取決于社會保險和住房公積金專項扣除的金額，以及子女教育、繼續教育和贍養老人等專項附加扣除的金額，進而來確定其個人所得稅應納稅所得額和適用的稅率。
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2021年11月9日