專利管理機關可以處理下列糾紛:1、專利侵權糾紛;2、有關發明專利申請公布后，專利權授予前，他人實施發明的費用糾紛;3、專利申請權和專利權歸屬糾紛;4、關于對職務發明人獎勵和報酬的糾紛。 《中華人民共和國專利法》 第六十條 未經專利權人許可，實施其專利，即侵犯其專利權，引起糾紛的，由當事人協商解決;不愿協商或者協商不成的，專利權人或者利害關系人可以向人民法院起訴，也可以請求管理專利工作的部門處理。管理專利工作的部門處理時，認定侵權行為成立的，可以責令侵權人立即停止侵權行為，當事人不服的，可以自收到處理通知之日起十五日內依照《中華人民共和國行政訴訟法》向人民法院起訴;侵權人期滿不起訴又不停止侵權行為的，管理專利工作的部門可以申請人民法院強制執行。進行處理的管理專利工作的部門應當事人的請求，可以就侵犯專利權的賠償數額進行調解;調解不成的，當事人可以依照《中華人民共和國民事訴訟法》向人民法院起訴。

專利糾紛有：
1、專利合同糾紛。例如，許可實施合同糾紛、專利轉讓合同糾紛、報酬糾紛；
2、專利權權屬糾紛。例如，署名權糾紛、申請專利權糾紛、獨占實施權糾紛；
3、專利權侵權糾紛；
4、其他糾紛種類。
【法律依據】
《民事案件案由規定》
148.專利合同糾紛
60.專利權權屬、侵權糾紛
（1）專利申請權權屬糾紛
（2）專利權權屬糾紛
（3）侵害發明專利權糾紛
（4）侵害實用新型專利權糾紛
（5）侵害外觀設計專利權糾紛
（6）假冒他人專利糾紛
（7）發明專利臨時保護期使用費糾紛
（8）職務發明創造發明人、設計人獎勵、報酬糾紛
（9）發明創造發明人、設計人署名權糾紛
（10）標準必要專利使用費糾紛

摘要：在這個注重創新，崇尚創新的時代，國家和社會對于創造性活動非常重視，并給予這些活動成果認證，這里的知識產權就是其中一種。知識產權是人對其所創作的智力勞動成果所享有的專有權利。發明、文學和藝術作品，以及在商業中使用的標志、名稱、圖像以及外觀設計，都可被認為是某一個人或組織所擁有的知識產權。那么，常見的知識產權糾紛有哪些？知識產權糾紛訴訟流程是怎樣的？以下就和小編一起來了解一下吧。常見的知識產權糾紛有哪些
知識產權糾紛類型主要有歸屬權糾紛、侵權糾紛、合同糾紛和行政糾紛。
1、歸屬權糾紛。是指主體之間誰是真正的知識產權人，誰應該具有知識產權所發生的爭議，如是單方知識產權人還是共同知識產權人等糾紛。
2、侵權糾紛。是指知識產權人與不特定第三人因侵權行為發生的爭議，如未經知識產權人許可，擅自使用其知識產權導致雙方發生的糾紛。
3、合同糾紛。是指知識產權轉讓、許可使用等合伺中各方當事人因合同而引起的爭議，如受讓方超越合同授權導致雙方發生的糾紛。
4、行政糾紛。是指當事人對知識產權行政管理機關所做出的決定不服而引起的爭議，如對有關行政機關的處理決定不服而產生的糾紛。
知識產權糾紛處理方法
1、協商。是指雙方當事人在知識產權糾紛發生后，在自愿互諒的基礎上，按照有關法律的規定，通過直接的協商和談判，自行達成和解協議，從而使糾紛得到解決的活動。
2、調解。是指知識產權糾紛發生后，經雙方當事人申請，由人民法院、仲裁機構或調解人從中協調，使雙方當事人在自愿協商的基礎上，互作讓步，達成協議，從而使糾紛得到解決的活動。
3、行政處理。是指知識產權糾紛有關的當事人或者不特定第三人請求知識產權行政管理機關處理其知識產權糾紛或與知識產權有關的侵權等違法行為的活動。
4、仲裁。是指知識產權糾紛雙方當事人在自愿基礎上達成協議，將糾紛提交仲裁機構審理，由仲裁機構做出對爭議雙方均有約束力的裁決的解決糾紛的制度。當事人可以根據仲裁裁決或調解書要求對方承擔責任或履行義務，也可請求人民法院強制執行。
5、民事訴訟。是指人民法院在知識產權糾紛雙方當事人的參與下審理和解決知識產權糾紛案件的訴訟活動。當事人可以請求人民法院做出要求對方承擔責任或履行義務的判決書或調解書，并可請求人民法院強制執行。
知識產權糾紛訴訟流程
一、權利證據
1、要舉證原告的主體資格，即自然人身份證或企業、事業單位的營業執照及組織機構代碼。
2、專利權證書，證明專利權授權時的權屬情況。
3、專利登記薄副本，證明專利權有過轉讓、有無被宣告無效等情況。
4、專利授權公告文本：發明或實用新型的權利要求書，說明書，摘要及附圖，外觀設計的圖片及簡要說明。
5、專利年費的收據，證明該專利持續有效情況。
6、專利管理部門的實用新型檢索報告。
二、侵權證據
1、書證：通常是公證書，發現侵權行為后，要及時與公證機關申請，對侵權產品、現場進行勘查公證。如是銷售者，還要索取產品的廣告宣傳冊、銷售人員的名片、發票或收據等。
2、物證：從市場上購得侵權產品時，應由公證人員對此進行封存、拍照。
三、損失證據
1、專利許可合同，以此許可費來計算損失。
2、財務審計報告，以侵權前與侵權后的利益損失為參考損失情況。
3、被告的財務報告，以被告的利益主原告的損失參考。
如果作為被告，往往會從如下方面進行抗辯：
1、權利瑕疵抗辯；
2、不侵權抗辯；
3、公知技術抗辯；
4、先用抗辯；
5、侵權獲得低于原告抗辯；
6、合法來源的抗辯。

專利糾紛有下列主要的類型：權屬糾紛（包括專利權權屬糾紛和專利申請權糾紛）；專利侵權糾紛（即未經專利權人許可，為生產經營目的制造、使用、許諾銷售、銷售、進口專利產品等行為）；專利許可使用合同或專利轉讓合同糾紛。
【法律依據】
《中華人民共和國專利法》第十一條
發明和實用新型專利權被授予后，除本法另有規定的以外，任何單位或者個人未經專利權人許可，都不得實施其專利，即不得為生產經營目的制造、使用、許諾銷售、銷售、進口其專利產品，或者使用其專利方法以及使用、許諾銷售、銷售、進口依照該專利方法直接獲得的產品。外觀設計專利權被授予后，任何單位或者個人未經專利權人許可，都不得實施其專利，即不得為生產經營目的制造、許諾銷售、銷售、進口其外觀設計專利產品。
第十二條
任何單位或者個人實施他人專利的，應當與專利權人訂立實施許可合同，向專利權人支付專利使用費。被許可人無權允許合同規定以外的任何單位或者個人實施該專利。